Diversidad bacteriana en suelos de zonas contaminadas y no contaminadas de una mina de cobre = Bacterial diversity in soils from contaminated and uncontaminated areas of a copper mine

Para entender la dinámica ecológica del suelo es de primordial importancia realizar un esquema de la distribución filogenética de las distintas bacterias que viven en él. Los análisis moleculares, en especial el metagenómico, puede aportar información detallada sobre la diversidad, estructura y funcionamiento de los microorganismos presentes en un suelo, información que pueden servir como base para su manejo y recuperación. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad de las comunidades bacterianas en dos zonas de un suelo minero ubicado en la comunidad de Madrid. Los muestreos se realizaron en dos zonas de la mina identificadas como zona 1 (suelo no afectado) y zona 3 (zona de escombrera). Se realizaron análisis metagenómicos de las comunidades bacterianas presentes, con muestras de ambas zonas. Del total de secuencias bacterianas evaluadas, sólo el 1% mostró coincidencias en las bases de datos del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI). Los resultados mostraron que el número de secuencias del dominio Bacteria es mayor en la zona 1 que en la zona 3. Aunque no se encontraron diferencias significativas entre los diferentes filos de bacterias por zona, sí se observaron diferencias en cuanto al número de especies dentro de los diferentes filos y entre las zonas de muestreo

Semantic modelling of common data elements for rare disease registries, and a prototype workflow for their deployment over registry data

BACKGROUND: The European Platform on Rare Disease Registration (EU RD Platform) aims to address the fragmentation of European rare disease (RD) patient data, scattered among hundreds of independent and non-coordinating registries, by establishing standards for integration and interoperability. The first practical output of this effort was a set of 16 Common Data Elements (CDEs) that should be implemented by all RD registries. Interoperability, however, requires decisions beyond data elements - including data models, formats, and semantics. Within the European Joint Programme on Rare Diseases (EJP RD), we aim to further the goals of the EU RD Platform by generating reusable RD semantic model templates that follow the FAIR Data Principles. RESULTS: Through a team-based iterative approach, we created semantically grounded models to represent each of the CDEs, using the SemanticScience Integrated Ontology as the core framework for representing the entities and their relationships. Within that framework, we mapped the concepts represented in the CDEs, and their possible values, into domain ontologies such as the Orphanet Rare Disease Ontology, Human Phenotype Ontology and National Cancer Institute Thesaurus. Finally, we created an exemplar, reusable ETL pipeline that we will be deploying over these non-coordinating data repositories to assist them in creating model-compliant FAIR data without requiring site-specific coding nor expertise in Linked Data or FAIR. CONCLUSIONS: Within the EJP RD project, we determined that creating reusable, expert-designed templates reduced or eliminated the requirement for our participating biomedical domain experts and rare disease data hosts to understand OWL semantics. This enabled them to publish highly expressive FAIR data using tools and approaches that were already familiar to them

The Seventeenth Data Release of the Sloan Digital Sky Surveys: Complete Release of MaNGA, MaStar and APOGEE-2 Data

This paper documents the seventeenth data release (DR17) from the Sloan Digital Sky Surveys; the fifth and final release from the fourth phase (SDSS-IV). DR17 contains the complete release of the Mapping Nearby Galaxies at Apache Point Observatory (MaNGA) survey, which reached its goal of surveying over 10,000 nearby galaxies. The complete release of the MaNGA Stellar Library (MaStar) accompanies this data, providing observations of almost 30,000 stars through the MaNGA instrument during bright time. DR17 also contains the complete release of the Apache Point Observatory Galactic Evolution Experiment 2 (APOGEE-2) survey which publicly releases infra-red spectra of over 650,000 stars. The main sample from the Extended Baryon Oscillation Spectroscopic Survey (eBOSS), as well as the sub-survey Time Domain Spectroscopic Survey (TDSS) data were fully released in DR16. New single-fiber optical spectroscopy released in DR17 is from the SPectroscipic IDentification of ERosita Survey (SPIDERS) sub-survey and the eBOSS-RM program. Along with the primary data sets, DR17 includes 25 new or updated Value Added Catalogs (VACs). This paper concludes the release of SDSS-IV survey data. SDSS continues into its fifth phase with observations already underway for the Milky Way Mapper (MWM), Local Volume Mapper (LVM) and Black Hole Mapper (BHM) surveys

Treatment with tocilizumab or corticosteroids for COVID-19 patients with hyperinflammatory state: a multicentre cohort study (SAM-COVID-19)

Objectives: The objective of this study was to estimate the association between tocilizumab or corticosteroids and the risk of intubation or death in patients with coronavirus disease 19 (COVID-19) with a hyperinflammatory state according to clinical and laboratory parameters. Methods: A cohort study was performed in 60 Spanish hospitals including 778 patients with COVID-19 and clinical and laboratory data indicative of a hyperinflammatory state. Treatment was mainly with tocilizumab, an intermediate-high dose of corticosteroids (IHDC), a pulse dose of corticosteroids (PDC), combination therapy, or no treatment. Primary outcome was intubation or death; follow-up was 21 days. Propensity score-adjusted estimations using Cox regression (logistic regression if needed) were calculated. Propensity scores were used as confounders, matching variables and for the inverse probability of treatment weights (IPTWs). Results: In all, 88, 117, 78 and 151 patients treated with tocilizumab, IHDC, PDC, and combination therapy, respectively, were compared with 344 untreated patients. The primary endpoint occurred in 10 (11.4%), 27 (23.1%), 12 (15.4%), 40 (25.6%) and 69 (21.1%), respectively. The IPTW-based hazard ratios (odds ratio for combination therapy) for the primary endpoint were 0.32 (95%CI 0.22-0.47; p < 0.001) for tocilizumab, 0.82 (0.71-1.30; p 0.82) for IHDC, 0.61 (0.43-0.86; p 0.006) for PDC, and 1.17 (0.86-1.58; p 0.30) for combination therapy. Other applications of the propensity score provided similar results, but were not significant for PDC. Tocilizumab was also associated with lower hazard of death alone in IPTW analysis (0.07; 0.02-0.17; p < 0.001). Conclusions: Tocilizumab might be useful in COVID-19 patients with a hyperinflammatory state and should be prioritized for randomized trials in this situatio

Atrasentan and renal events in patients with type 2 diabetes and chronic kidney disease (SONAR): a double-blind, randomised, placebo-controlled trial

Background: Short-term treatment for people with type 2 diabetes using a low dose of the selective endothelin A receptor antagonist atrasentan reduces albuminuria without causing significant sodium retention. We report the long-term effects of treatment with atrasentan on major renal outcomes. Methods: We did this double-blind, randomised, placebo-controlled trial at 689 sites in 41 countries. We enrolled adults aged 18–85 years with type 2 diabetes, estimated glomerular filtration rate (eGFR)25–75 mL/min per 1·73 m 2 of body surface area, and a urine albumin-to-creatinine ratio (UACR)of 300–5000 mg/g who had received maximum labelled or tolerated renin–angiotensin system inhibition for at least 4 weeks. Participants were given atrasentan 0·75 mg orally daily during an enrichment period before random group assignment. Those with a UACR decrease of at least 30% with no substantial fluid retention during the enrichment period (responders)were included in the double-blind treatment period. Responders were randomly assigned to receive either atrasentan 0·75 mg orally daily or placebo. All patients and investigators were masked to treatment assignment. The primary endpoint was a composite of doubling of serum creatinine (sustained for ≥30 days)or end-stage kidney disease (eGFR <15 mL/min per 1·73 m 2 sustained for ≥90 days, chronic dialysis for ≥90 days, kidney transplantation, or death from kidney failure)in the intention-to-treat population of all responders. Safety was assessed in all patients who received at least one dose of their assigned study treatment. The study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT01858532. Findings: Between May 17, 2013, and July 13, 2017, 11 087 patients were screened; 5117 entered the enrichment period, and 4711 completed the enrichment period. Of these, 2648 patients were responders and were randomly assigned to the atrasentan group (n=1325)or placebo group (n=1323). Median follow-up was 2·2 years (IQR 1·4–2·9). 79 (6·0%)of 1325 patients in the atrasentan group and 105 (7·9%)of 1323 in the placebo group had a primary composite renal endpoint event (hazard ratio [HR]0·65 [95% CI 0·49–0·88]; p=0·0047). Fluid retention and anaemia adverse events, which have been previously attributed to endothelin receptor antagonists, were more frequent in the atrasentan group than in the placebo group. Hospital admission for heart failure occurred in 47 (3·5%)of 1325 patients in the atrasentan group and 34 (2·6%)of 1323 patients in the placebo group (HR 1·33 [95% CI 0·85–2·07]; p=0·208). 58 (4·4%)patients in the atrasentan group and 52 (3·9%)in the placebo group died (HR 1·09 [95% CI 0·75–1·59]; p=0·65). Interpretation: Atrasentan reduced the risk of renal events in patients with diabetes and chronic kidney disease who were selected to optimise efficacy and safety. These data support a potential role for selective endothelin receptor antagonists in protecting renal function in patients with type 2 diabetes at high risk of developing end-stage kidney disease. Funding: AbbVie

Detection and formal classification of certainty and its application to text mining of chains of scholarly statements

Las estructuras gramaticales que los investigadores usan para expresar sus afirmaciones intentan transmitir diversos grados de certeza o especulación. Estudios anteriores han sugerido una variedad de sistemas de categorización para la certeza académica; sin embargo, estos no han sido validados objetivamente, particularmente con respecto a representar la interpretación del lector, en lugar de la intención del autor. En esta tesis intentamos un enfoque de categorización de certeza basado en un modelo de datos. Ejecutamos una serie de estudios basados en cuestionarios utilizando frases académicas seleccionadas manualmente, en inglés, para determinar cómo los investigadores clasifican varias afirmaciones académicas, utilizando tres sistemas distintos de clasificación de certeza. Luego intentamos definir objetivamente las categorías de certeza percibida entre los lectores de textos biomédicos mediante el examen del grado de acuerdo/consistencia en la selección de categorías de certeza, por parte de los mismos lectores. Posteriormente se aplican pruebas estadísticas para evaluar el grado en que el sistema de categorización proporcionado en cada encuesta refleja la percepción de aquellos a quienes se les pidió que usaran esas categorías. El sistema de categorización con la puntuación más alta, es decir, el que proporcionó el nivel más alto de acuerdo, se usó para crear manualmente un gran corpus de declaraciones anotadas con su respectivo grado de certeza. Esto, a su vez, se utilizó para generar un modelo de “machine-learning” capaz de clasificar automáticamente nuevas declaraciones entre estas categorías, con alta precisión. Proponemos que este modelo podría usarse dentro de los algoritmos existentes de minería de texto para capturar metadatos adicionales que reflejen la expresión de certeza en el texto original. Además, proporcionamos un ejemplo de una publicación académica “machine-accesible", una Nanopublicación, en la que hemos incorporado estos nuevos metadatos de certeza contextual. Descubrimos que los lectores perciben tres categorías de certeza: un nivel de certeza alta y dos niveles de certeza más baja que están menos diferenciados, pero que muestran un grado significativo de acuerdo entre lectores. Mostramos que estas categorías se pueden detectar de manera automatizada, utilizando un modelo de “machine-learning”, con una precisión de “Cross-Validation” (CV) del 89,0% en relación a un "gold-standard" generado manualmente, y una precisión del 82,2% contra un corpus formado por las respuestas de los lectores. Este hallazgo brinda la oportunidad de capturar metadatos contextuales relacionados con la certeza como parte de proyectos de minería de texto, que actualmente omiten estas sutiles claves lingüísticas. Proporcionamos como ejemplo un conjunto de nanopublicaciones “machine-accesible” que representan todas las declaraciones analizadas en esta tesis, donde la categoría de certeza asignada por nuestro modelo de aprendizaje automático está integrada como metadatos de manera formal con base ontológica como prueba de concepto. ----------ABSTRACT---------- The grammatical structures scholars use to express their assertions are intended to convey various degrees of certainty or speculation. Prior studies have suggested a variety of categorization systems for scholarly certainty; however, these have not been objectively tested for their validity, particularly with respect to representing the interpretation of the reader, rather than the intention of the author. In this thesis we attempt a data-driven certainty categorization approach. We execute a series of questionnaire-based studies using manually-curated scholarly assertions, in English, to determine how researchers classify various scholarly assertions, using three distinct certainty classification systems. We then attempt to objectively define categories of perceived certainty that are shared among readers of biomedical text by examining the degree of consistency in certainty category selection by these readers. Statistical tests are then applied to evaluate the degree to which the categorization system provided in each Survey reflects the perception of those asked to use those categories. The categorization system with the highest score - that is, the one that provided the highest level of agreement - was then used to manually create a large corpus of certainty-annotated statements. This, in turn, was used to generate a machine-learning model capable of automatically classifying new statements into these categories with high accuracy. We propose that this model could be used within existing text-mining algorithms to capture additional metadata reflecting the nuanced expression of certainty in the original text. Additionally, we provide an example of a machine-accessible scholarly publication - a NanoPublication - within which we have embedded this novel contextual certainty metadata. We found that there are three categories of certainty perceived by readers: one level of high certainty, and two levels of lower certainty that are somewhat less distinct, but nevertheless show a significant degree of inter-annotator agreement. We show that these categories can be detected in an automated manner, using a machine learning model, with a cross-validation (CV) accuracy of 89,0% relative to a manually-generated “gold standard”, and 82,2% accuracy against a publicly-annotated corpus. This finding provides an opportunity for contextual metadata related to certainty to be captured as a part of text-mining pipelines, which currently miss these subtle linguistic cues. We provide a set of exemplar machine-accessible Nanopublications representing all statements analyzed in this thesis, where the certainty category assigned by our machine learning model is embedded as metadata in a formal, ontology-based manner as proof-of-concept

Rolado de "fachinales" e infiltración de agua en suelo en el Chaco Occidental (Argentina)

Roller chopping of shrublands originated by improper grazing management is a tool widely used for range improvement in the western Chaco region of Argentina. The purpose of this research was to assess the effect of roller-chopping on the process of soil water infiltration, a key indicator of soil quality, in two field experiments conducted in 1997 and 1999, respectively. Soil water infiltration was assessed by the double ring infiltrometer, and field data were adjusted using the Kostiakov equation. An analysis of variance was performed using as independent variables: treatment (roller-chopper and control), range site (upland, midland and bottom), and presence and type of litter; dependent variables were: basic or steady state infiltration (Ib, mm.h-1) and the time (T, min) needed for starting runoff by a rainfall of an 75 mm.h-1, an event with a return time of 1,25 years in the area. Although field data showed high spatial variability, results indicate that roller-chopping diminished Ib suggesting that the process of water infiltration is affected in treated ecosystems, although the effect did not last throughout time. The upland was the site most affected. The presence and type of litter, a factor associated with tree and shrub cover, significantly modified Ib. Grazing and use of fire after the roller-chopping should be carefully managed in order to avoid enhancement of the negative influence of roller chopping on soil quality.El rolado es un tratamiento mecánico que trata de solucionar el problema de la baja receptividad y accesibilidad de fachinales o arbustales causados por manejo inadecuado del campo natural en la región chaqueña occidental. El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto instantáneo, y luego de una estación de crecimiento, del rolado y la presencia/ tipo de mantillo sobre el proceso de infiltración de agua en el suelo, un indicador clave de calidad del mismo. Se evaluaron dos ensayos, realizados en 1997 y 1999, respectivamente. Los tratamientos fueron rolado y testigo. La infiltración se evaluó mediante el infiltrómetro de doble anillo, estimándose la velocidad de infiltración mediante el modelo de Kostiakov, que ajustó muy bien a los datos de lámina infiltrada en función del tiempo. Se realizó un análisis de la varianza, empleando como variables independientes: tratamiento (rolado y testigo), sitio de pastizal (alto, media loma y bajo) y presencia/tipo de mantillo (suelo desnudo, mantillo de gramíneas y de leñosas). Las variables dependientes fueron infiltración básica (Ib, mm.h-1) y el tiempo (T, min) que tarda el suelo en generar escorrentía ante una intensidad de precipitación de 75 mm.h-1, evento con un tiempo de retorno de 1,25 años en la zona. A pesar de la gran variabilidad espacial observada en los parámetros de infiltración, los resultados indican que el rolado disminuyó la Ib con respecto al testigo, sugiriendo una modificación del proceso de infiltración en los ecosistemas tratados, aunque el efecto parece ser de corta duración en el tiempo. El efecto fue diferencial por sitio de pastizal, siendo el alto el sitio más afectado. La mayor influencia sobre Ib y T la ejerció la presencia y el tipo de mantillo vegetal (p < 0,05), factor asociado especialmente a la cobertura de leñosas. Se recomienda no pastorear inmediatamente luego del rolado ni tampoco aplicar fuego de manera indiscriminada, a fin de no potenciar este efecto negativo del rolado sobre la calidad de suelos

Rolado de fachinales e infiltración de agua en suelo en el chaco occidental (Argentina)

El rolado es un tratamiento mecánico que trata de solucionar el problema de la baja receptividad y accesibilidad de fachinales o arbustales causados por manejo inadecuado del campo natural en la región chaqueña occidental. El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto instantáneo, y luego de una estación de crecimiento, del rolado y la presencia/ tipo de mantillo sobre el proceso de infiltración de agua en el suelo, un indicador clave de calidad del mismo. Se evaluaron dos ensayos, realizados en 1997 y 1999, respectivamente. Los tratamientos fueron rolado y testigo. La infiltración se evaluó mediante el infiltrómetro de doble anillo, estimándose la velocidad de infiltración mediante el modelo de Kostiakov, que ajustó muy bien a los datos de lámina infiltrada en función del tiempo. Se realizó un análisis de la varianza, empleando como variables independientes: tratamiento (rolado y testigo), sitio de pastizal (alto, media loma y bajo) y presencia/tipo de mantillo (suelo desnudo, mantillo de gramíneas y de leñosas). Las variables dependientes fueron infiltración básica (Ib, mm.h-1) y el tiempo (T, min) que tarda el suelo en generar escorrentía ante una intensidad de precipitación de 75 mm.h-1, evento con un tiempo de retorno de 1,25 años en la zona. A pesar de la gran variabilidad espacial observada en los parámetros de infiltración, los resultados indican que el rolado disminuyó la Ib con respecto al testigo, sugiriendo una modificación del proceso de infiltración en los ecosistemas tratados, aunque el efecto parece ser de corta duración en el tiempo. El efecto fue diferencial por sitio de pastizal, siendo el alto el sitio más afectado. La mayor influencia sobre Ib y T la ejerció la presencia y el tipo de mantillo vegetal (p < 0,05), factor asociado especialmente a la cobertura de leñosas. Se recomienda no pastorear inmediatamente luego del rolado ni tampoco aplicar fuego de manera indiscriminada, a fin de no potenciar este efecto negativo del rolado sobre la calidad de suelo

Diversidad bacteriana en suelos de zonas contaminadas y no contaminadas de una mina de cobre = Bacterial diversity in soils from contaminated and uncontaminated areas of a copper mine

Para entender la dinámica ecológica del suelo es de primordial importancia realizar un esquema de la distribución filogenética de las distintas bacterias que viven en él. Los análisis moleculares, en especial el metagenómico, puede aportar información detallada sobre la diversidad, estructura y funcionamiento de los microorganismos presentes en un suelo, información que pueden servir como base para su manejo y recuperación. El objetivo de este estudio fue evaluar la diversidad de las comunidades bacterianas en dos zonas de un suelo minero ubicado en la comunidad de Madrid. Los muestreos se realizaron en dos zonas de la mina identificadas como zona 1 (suelo no afectado) y zona 3 (zona de escombrera). Se realizaron análisis metagenómicos de las comunidades bacterianas presentes, con muestras de ambas zonas. Del total de secuencias bacterianas evaluadas, sólo el 1% mostró coincidencias en las bases de datos del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI). Los resultados mostraron que el número de secuencias del dominio Bacteria es mayor en la zona 1 que en la zona 3. Aunque no se encontraron diferencias significativas entre los diferentes filos de bacterias por zona, sí se observaron diferencias en cuanto al número de especies dentro de los diferentes filos y entre las zonas de muestreo